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Vor allem soll das Saunieren der Abhärtung gegen Erkältungskrankheiten dienen, kann aber auch bei einigen Erkrankungen als therapeutische Anwendung genutzt werden.

Während der Schwitzphase (künstliches Fieber) wirkt innerhalb des Körpers dasselbe, was auch ein echtes Fieber bewirkt, nämlich eine Zerstörung von Krankheitserregern durch erhöhte Temperatur.

Der Wechsel von Hitze mit dem anschließenden Kaltbad entspannt die Muskulatur und hat neben einigen physiologischen Effekten wie der Senkung des Blutdrucks, Anregung des Kreislaufs, des Stoffwechsels, des Immunsystems und der Atmung insbesondere auch eine wohltuende Auswirkung auf das subjektive Wohlbefinden.

Das Saunabaden unterstützt auch die Hautpflege und verlangsamt die Hautalterung. Direkt nach dem Betreten des Saunaraumes reagiert die Haut, die Blutgefäße weiten sich, die Durchblutung nimmt zu und die Oberflächentemperatur steigt nach etwa 15-minütigem Aufenthalt auf 40-42°C an; in der Abkühlphase verengen sich die Blutgefäße dann wieder durch Kaltwasseranwendungen (Gefäßtraining).

Durch Schwitzen sowie die mehrmaligen Wasseranwendungen wird außerdem eine sehr gründliche, aber schonende Körperreinigung erreicht. Die oberste Hornschicht der Haut quillt auf, verhornte Hautzellen lockern sich und können leicht abgespült werden. Durch die Aktivierung der Schweißdrüsen und Wassereinlagerung wird bei sehr trockener Haut die Struktur in der Hornschicht verbessert.

Personen mit Entzündungen, mit akuten Infektionskrankheiten, mit Herz-Kreislauf-Krankheiten, mit Venenthrombosen oder Krampfaderleiden wird gemeinhin vom Besuch einer Sauna abgeraten.

Sowohl in der Sauna, als auch in der Banja ist die Mitnahme von Bündeln größtenteils aus Birkenzweigen beliebt, mit denen der Körper "abgeschlagen" wird, um die Blutzirkulation anzuregen. Diese Zweige sind (im Gegensatz zu Birkenruten) nicht entblättert und erzeugen somit keinen Schmerz. Im Sommer werden oft frische Zweige verwendet; im Winter nimmt man dagegen entweder Zweige, die im Frühsommer getrocknet und vor dem Gebrauch wieder mit heißem Wasser eingeweicht wurden (dieses Birkenwasser ist gleichzeitig ein hervorragender Aufguss) oder tiefgefrorene Büschel, die es in finnischen Supermärkten zu kaufen gibt.